مرکز تحقیقات فراوری گیاهان دارویی دارای چهار آزمایشگاه می باشد که عملیات میز بندی و آماده سازی آزمایشگاها در ابتدای تأسیس مرکز، توسط دانشکده داروسازی شیراز انجام شد. فرایند تجهیز آزمایشگاه ها ظرف مدت سه سال از سال ۱۳۸۹ لغایت ۱۳۹۱ صورت پذیرفت. به منظور ارزیابی آلودگی های میکروبی موجود در عرقیجات آزمایشگاه کنترل میکروبی مرکز درسال ۱۳۹۴ ساخته و تجهیز گردید. چهار آزمایشگاه موجود شامل یک آزمایشگاه فیتوشیمی، یک آزمایشگاه تجزیه ی دستگاهی، یک آزمایشگاه کنترل میکروبی و یک آزمایشگاه کنترل کیفیت عرقیجات می باشد. آزمایشگاه فیتو شیمی و شیمی تجزیه دستگاهی شامل امکانات مورد نیاز جهت تعیین مقدار مواد موثره ی موجود در فرواده های گیاهی و آنالیز اسانس می باشد.
